COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 17.300673 17.300673 16.247574
2021-04-18 17:00:00 15.612240 15.612240 16.401001
2021-04-17 17:00:00 15.120809 15.120809 16.493043
2021-04-16 17:00:00 15.695637 15.695637 16.609636
2021-04-15 17:00:00 16.880818 16.880818 16.656458
2021-04-14 17:00:00 15.850203 15.850203 16.649830
2021-04-13 17:00:00 15.336801 15.336801 17.031642

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 17.604356 6.160686 11.723509
2021-04-18 17:00:00 15.375447 15.375447 12.042952
2021-04-17 17:00:00 11.849901 11.849901 12.303877
2021-04-16 17:00:00 12.899263 12.899263 12.793960
2021-04-15 17:00:00 13.755598 13.755598 13.071758
2021-04-14 17:00:00 14.050027 14.050027 13.079347
2021-04-13 17:00:00 10.970996 10.970996 12.809759

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 20.796460 25.372077 24.949636
2021-04-18 17:00:00 25.978648 25.978648 25.371603
2021-04-17 17:00:00 24.215247 24.215247 25.302041
2021-04-16 17:00:00 16.923077 24.649860 25.374356
2021-04-15 17:00:00 27.468354 27.468354 25.485394
2021-04-14 17:00:00 29.551821 29.551821 25.334758
2021-04-13 17:00:00 26.111908 26.111908 25.296276

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 10.236220 15.041783 15.873525
2021-04-18 17:00:00 14.858841 14.858841 16.353330
2021-04-17 17:00:00 13.841642 13.841642 16.503295
2021-04-16 17:00:00 15.019077 15.019077 16.596973
2021-04-15 17:00:00 18.082015 18.082015 16.826087
2021-04-14 17:00:00 15.761821 15.761821 16.703625
2021-04-13 17:00:00 15.619924 15.619924 16.743128

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 18.620882 8.796281 12.556073
2021-04-18 17:00:00 11.403273 11.403273 12.732693
2021-04-17 17:00:00 12.663830 12.663830 12.937707
2021-04-16 17:00:00 12.057081 12.057081 13.124776
2021-04-15 17:00:00 13.651710 13.651710 13.274885
2021-04-14 17:00:00 14.342216 14.342216 13.355401
2021-04-13 17:00:00 16.935568 16.935568 13.849070

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 43.871936 43.871936 34.211594
2021-04-18 17:00:00 36.375618 36.375618 34.211689
2021-04-17 17:00:00 28.271151 28.271151 34.674687
2021-04-16 17:00:00 41.062802 41.062802 35.209873
2021-04-15 17:00:00 38.461538 38.461538 34.828695
2021-04-14 17:00:00 22.641012 22.641012 34.367427
2021-04-13 17:00:00 28.597450 28.597450 33.878177

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 7.878788 7.878788 9.951842
2021-04-18 17:00:00 8.738632 8.738632 10.263803
2021-04-17 17:00:00 4.985526 4.985526 10.829001
2021-04-16 17:00:00 9.809810 9.809810 11.200487
2021-04-15 17:00:00 20.506912 20.506912 11.645945
2021-04-14 17:00:00 17.519380 17.519380 11.980015
2021-04-13 17:00:00 10.409652 10.409652 12.859137

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 13.331462 5.268266 6.764939
2021-04-18 17:00:00 7.677112 7.677112 6.870242
2021-04-17 17:00:00 7.494833 7.494833 6.911655
2021-04-16 17:00:00 7.830429 7.830429 6.924564
2021-04-15 17:00:00 6.985661 6.985661 6.883536
2021-04-14 17:00:00 6.079779 6.079779 6.808898
2021-04-13 17:00:00 6.584083 6.584083 6.742553

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 14.701601 8.840263 12.673463
2021-04-18 17:00:00 15.677966 11.384615 12.950733
2021-04-17 17:00:00 13.986928 13.986928 13.217806
2021-04-16 17:00:00 13.374741 13.374741 13.454247
2021-04-15 17:00:00 14.990792 14.990792 13.592304
2021-04-14 17:00:00 14.817492 14.817492 13.845512
2021-04-13 17:00:00 10.153846 10.153846 14.072223

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 12.798425 12.798425 25.306689
2021-04-18 17:00:00 24.613260 24.613260 25.621757
2021-04-17 17:00:00 28.326658 28.326658 26.160033
2021-04-16 17:00:00 28.556326 28.556326 26.677532
2021-04-15 17:00:00 28.024297 28.024297 26.973821
2021-04-14 17:00:00 25.075705 25.075705 27.614923
2021-04-13 17:00:00 35.098632 35.098632 27.138240

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 13.550940 13.550940 12.941335
2021-04-18 17:00:00 15.588070 15.588070 13.069003
2021-04-17 17:00:00 13.727858 13.727858 13.210433
2021-04-16 17:00:00 11.989702 11.989702 13.391735
2021-04-15 17:00:00 13.749473 13.749473 13.631008
2021-04-14 17:00:00 15.421776 15.421776 13.451735
2021-04-13 17:00:00 10.979228 10.979228 12.998384

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 2.953586 2.953586 6.850376
2021-04-18 17:00:00 6.682578 6.682578 6.806857
2021-04-17 17:00:00 6.483301 6.483301 6.985251
2021-04-16 17:00:00 8.713693 8.713693 7.035607
2021-04-15 17:00:00 8.368794 8.368794 6.850174
2021-04-14 17:00:00 7.154213 7.154213 6.556973
2021-04-13 17:00:00 0.000000 0.000000 6.181512

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 3.300330 0.815661 4.234174
2021-04-18 17:00:00 7.385698 7.385698 4.463303
2021-04-17 17:00:00 5.873606 5.873606 4.612894
2021-04-16 17:00:00 3.338762 3.338762 4.844517
2021-04-15 17:00:00 3.186275 3.186275 5.139195
2021-04-14 17:00:00 4.193038 4.193038 5.535543
2021-04-13 17:00:00 5.870445 5.870445 5.581269

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 16.455696 5.231388 33.257276
2021-04-18 17:00:00 38.461538 38.461538 34.397747
2021-04-17 17:00:00 29.931973 29.931973 35.255341
2021-04-16 17:00:00 43.150685 43.150685 36.713695
2021-04-15 17:00:00 42.391304 42.391304 38.693134
2021-04-14 17:00:00 44.333333 44.333333 39.611618
2021-04-13 17:00:00 42.960289 42.960289 41.093757

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 39.528193 11.432851 16.961476
2021-04-18 17:00:00 26.267926 26.267926 17.412362
2021-04-17 17:00:00 15.130313 15.130313 17.470567
2021-04-16 17:00:00 18.627755 18.627755 17.882351
2021-04-15 17:00:00 20.060308 20.060308 18.240343
2021-04-14 17:00:00 20.478156 20.478156 18.442495
2021-04-13 17:00:00 15.349985 15.349985 18.785004

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 16.030744 37.963217 40.846636
2021-04-18 17:00:00 38.633615 38.633615 40.438704
2021-04-17 17:00:00 46.564885 46.564885 40.725277
2021-04-16 17:00:00 39.119369 39.119369 40.371952
2021-04-15 17:00:00 46.489044 46.489044 40.832314
2021-04-14 17:00:00 63.077575 39.743590 39.364367
2021-04-13 17:00:00 44.994333 44.994333 40.144322

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 11.086351 9.209964 8.986473
2021-04-18 17:00:00 11.097060 9.826428 9.039687
2021-04-17 17:00:00 8.648649 8.648649 9.141336
2021-04-16 17:00:00 9.510795 9.510795 9.158276
2021-04-15 17:00:00 7.810750 7.810750 9.056575
2021-04-14 17:00:00 11.180401 7.282851 9.063472
2021-04-13 17:00:00 9.470026 9.470026 9.066831

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 15.926819 10.963050 12.601932
2021-04-18 17:00:00 11.068944 11.068944 12.810551
2021-04-17 17:00:00 12.284015 12.284015 12.959346
2021-04-16 17:00:00 13.280341 13.280341 13.111220
2021-04-15 17:00:00 14.256219 14.256219 13.196636
2021-04-14 17:00:00 13.317212 13.317212 13.625348
2021-04-13 17:00:00 12.817188 12.817188 14.072424

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 18.681851 9.638102 12.617286
2021-04-18 17:00:00 14.499773 14.499773 12.760608
2021-04-17 17:00:00 13.050386 13.050386 12.796446
2021-04-16 17:00:00 13.955846 13.955846 12.893251
2021-04-15 17:00:00 13.238200 13.238200 12.880631
2021-04-14 17:00:00 14.028345 14.028345 12.869348
2021-04-13 17:00:00 12.172553 12.172553 12.661949

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 9.333333 16.952950 16.614553
2021-04-18 17:00:00 18.677686 18.677686 16.904142
2021-04-17 17:00:00 13.043478 13.043478 17.118423
2021-04-16 17:00:00 20.121029 20.121029 17.684661
2021-04-15 17:00:00 15.466667 15.466667 18.124922
2021-04-14 17:00:00 20.206490 20.206490 18.259585
2021-04-13 17:00:00 13.053892 13.053892 18.105760

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 75.280899 75.280899 31.406201
2021-04-18 17:00:00 16.384181 16.384181 30.773485
2021-04-17 17:00:00 23.750000 23.750000 30.913263
2021-04-16 17:00:00 22.727273 22.727273 30.565130
2021-04-15 17:00:00 35.576923 35.576923 29.714019
2021-04-14 17:00:00 40.268456 40.268456 28.094670
2021-04-13 17:00:00 21.719457 21.719457 27.740943

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-19 17:00:00 21.971706 13.144671 22.078456
2021-04-18 17:00:00 22.743574 22.743574 22.472578
2021-04-17 17:00:00 24.371273 24.371273 22.599292
2021-04-16 17:00:00 22.414646 22.414646 23.214115
2021-04-15 17:00:00 24.954002 24.954002 23.490999
2021-04-14 17:00:00 24.551442 24.551442 23.529732
2021-04-13 17:00:00 23.832659 23.832659 23.704473

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 17.604356 6.160686 11.723509
Basilicata 20.796460 25.372077 24.949636
Calabria 10.236220 15.041783 15.873525
Campania 18.620882 8.796281 12.556073
Emilia-Romagna 43.871936 43.871936 34.211594
Friuli Venezia Giulia 7.878788 7.878788 9.951842
Lazio 13.331462 5.268266 6.764939
Liguria 14.701601 8.840263 12.673463
Lombardia 12.798425 12.798425 25.306689
Marche 13.550940 13.550940 12.941335
Molise 2.953586 2.953586 6.850376
P.A. Bolzano 3.300330 0.815661 4.234174
P.A. Trento 16.455696 5.231388 33.257276
Piemonte 39.528193 11.432851 16.961476
Puglia 16.030744 37.963217 40.846636
Sardegna 11.086351 9.209964 8.986473
Sicilia 15.926819 10.963050 12.601932
Toscana 18.681851 9.638102 12.617286
Umbria 9.333333 16.952950 16.614553
Valle d'Aosta 75.280899 75.280899 31.406201
Veneto 21.971706 13.144671 22.078456

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Mon Apr 19 18:16:44 2021 revision 267, 7078aaf2